南通市妇幼保健院始建于1982年底，1983年4月1日正式开诊，前身为南通市妇产科医院。1985年，医院开设了综合门诊。1988年，医院又开设了综合病房，走上了“大专科，小综合”的道路。1990年，近4000平方米的新妇产科大楼投入使用。1991年，医院开设了内科、外科、儿科、新生儿科病区。2002年6月6日，经南通市编制委员会批准，医院正式由原南通市妇产科医院更名挂牌为南通市妇幼保健院。2004年11月，医院正式晋级为江苏省乙等妇幼保健院。