湖州市气象局前身为嘉兴地区气象台，成立于1958年8月， 1983年8月嘉兴地区进行机构改革，嘉兴、湖州分为两市。1984年11月起，嘉兴地区气象局随着行政体制的变化分为湖州市、嘉兴市气象局至今。