1994年卫生部在中国医学科学院皮肤病研究所调整成立了全国性病麻风病控制中心，麻风病研究室作为该中心的一个科室，在卫生部、医科院和所院（中心）的领导下，承担全国麻风病防治研究工作技术指导和防治效果评价，健康教育，业务指导和培训，疫情统计，监测和麻风专家咨询委员会日常工作等。1998年5月所院进行了机构调整，原性病和麻风病研究室撤消，下设中心办公室、疫情监测室、防治室、康复室、健康教育室和中心实验室。